La pression aurait été tellement forte pour M. Geisser qu’il serait allé trop loin dans ses propos à l’encontre du fonctionnaire. « J’avoue que la modération dont j’avais fait preuve jusqu’à présent finit par céder, et ce d’autant plus que je constate que le FD a fait une "nouvelle victime" », s’explique-t-il. D’autre part, le mail revêtait un caractère « strictement privé » et n’avait pas vocation à apparaître sur Internet ni à remettre en cause le CNRS « en tant qu’institution scientifique », poursuit-il.
Que nenni pour la direction du CNRS, qui le convoque pour « manquement grave subséquent à l’obligation de réserve » pour des propos « aux conséquences dommageables (…) tant pour l’établissement que pour le fonctionnaire de sécurité de défense ».
C’est justement autour de l’obligation de réserve que tourne le débat. Pour le Collectif pour la sauvegarde de la liberté intellectuelle des chercheurs et enseignants-chercheurs de la fonction publique, ce devoir « ne peut en aucun cas valoir pour les intellectuels, y compris lorsqu’ils sont fonctionnaires. Les y soumettre revient purement et simplement à les faire disparaître comme intellectuels, c’est ruiner la liberté dont ils ont besoin pour continuer leur œuvre salutaire », lit-on dans la lettre ouverte du 10 juin 2009 adressée à Valérie Pécresse, ministre de l’Enseignement supérieur et de la Recherche.
Pour Esther Benbassa, directrice d'études à l'EPHE (Ecole pratique des hautes études), à l’initiative de la pétition, « dès lors que "la liberté de pensée et d’opinion des chercheurs" est expressément garantie par Mme la Ministre, que le dossier constitué contre M. Geisser ne comporte en tout et pour tout qu’un mail, et que ce mail est privé (diffusé à l’insu de son auteur et contre sa volonté), il n’y a en tout état de cause ni diffamation susceptible de justifier une procédure judiciaire, ni matière à la réunion d’un conseil de discipline ». Pour cette spécialiste de l’histoire du judaïsme qui demande la suspension de la procédure, il est clair que « cette convocation intervient après quatre ans de harcèlement ».
Autre son de cloche du côté de la direction. « En donnant son avis de manière publique, le fonctionnaire a bien manqué à son devoir de réserve », explique M. D., contestant ainsi le caractère privé du courriel. « D’abord, l’insulte, même de manière privée, est tout aussi répréhensible. De plus, le mail a été envoyé au comité de soutien et non pas à Sabrina Trojet, ce qui montre que le mail avait vocation à être public. C’est seulement à la demande de l’avocat de M. Illand qu’il a été retiré du site. Il fallait saisir les autorités du CNRS sur de telles pratiques ».