C'est dans un communiqué diffusé le 14 juin que le RMF annonce la tenue de ses premières assises pour le samedi 17 juin, à un moment où le CFCM est dans l'agonie. Le RMF avait été créé six mois plus tôt par des personnalités issues du Rassemblement des élus du CFCM (REC), un mouvement contestataire né en novembre 2005, des dissensions à la tête de la Fédération nationale des musulmans de France (FNMF).

Bien avant sa victoire aux élections du CFCM, en juin 2005, la FNMF allait déjà très mal. Son président en exercice, Mohamed Bechari, était mis en minorité. Pour mener leur fédération aux élections du CFCM, les opposants à M. Bechari fondèrent la Coordination des musulmans de France le 20 mars 2005. M. Bechari est absent de ce mouvement. L'opposition à la FNMF ira aux élections derrière Abdallah Boussouf qui n'est pas membre de la fédération mais qui est Marocain comme l'essentiel de l'exécutif de la FNMF.

Ainsi, sur les 17 « listes marocaines » qui participent aux élections du 19 juin 2005, seules six sont officiellement de la FNMF. Les autres sont de son opposition. Ce cocktail, présenté comme la FNMF, remporte les élections et consacre la division. Car l'opposition réclame sa victoire. Elle l'obtient. M. Boussouf devient le Vice-présidence du CFCM, chargé des régions.
Mais le 7 juillet 2005, une décision de justice condamne M. Bechari et annule la procédure qui lui avait permis d'élargir le Conseil d'administration de la FNMF à ses opposants. En conséquence, le 9 janvier 2006, M. Boussouf perd sa vice présidence qui échoit à M. Bechari. Dans la foulée, le FNMF Lemsibak Abdellatif, opposant à M. Bechari, est exclu du bureau du CFCM. Tous ces élus affirment qu'ils ne sont pas représentés par M. Bechari. Quatre jours plus tard, le 13 janvier 2006, le Rassemblement des musulmans de France voit le jour sur leur initiative.

Privé de sa victoire électorale, l'opposition à M. Bechari engage des procédures judiciaires et réussit à discréditer M. Bechari dans sa légitimité de président de la FNMF. Le 30 mars 2006, la fédération est mise sous tutelle. Maître Didier Ségard est nommé Administrateur provisoire de la FNMF. A ce titre, il a mission de « représenter la Fédération Nationale des Musulmans de France à toutes les instances du Conseil Français du Culte Musulman ».

Cette situation ôte au CFCM le peu de crédit qui lui restait. En effet, le Conseil dirigé par Dalil Boubakeur fondait sa légitimité sur le « processus électoral » dont il résulte. Or « non seulement les personnalités élues sont écartées, c'est un avocat qui n'est peut-être pas musulman qui va donner son avis sur le culte musulman en France » s'insurge Rachid, un quadragénaire lillois qui ne cache pas sa déception.

Le RMF se veut « complémentaire et non concurrente » CFCM. selon Anour Kbibech, du Conseil régional du culte musulman (CRCM) Ile-de-France-Est. Mais cette intention laisse dubitatif car le RMF prévoit de travailler sur la formation des imams, le développement des aumôneries, la détermination du début du ramandan etc... Or sur tous ces sujets, comme d'autres, le CFCM a déjà constitué des commissions de travail. Des commissions qui, à l'image du CFCM, sont loin de convaincre.