Avec 249 voix pour et 228 voix contre, soit 21 voix d'écart, le projet de loi sur les OGM a été adopté par l'Assemblée nationale à une très courte majorité. Au gouvernement comme dans la majorité parlementaire, le texte a divisé. Ainsi, sur 316 députés UMP à l'Assemblée, 245 ont voté en faveur du texte, et dix députés UMP ont voté contre. 31 d'entre eux se sont abstenus tandis que 26 autres n'ont pas participé au vote.

Du côté du PS, principal parti de l'opposition, sur les 205 députés du Parti socialiste, 15 n'ont pas participé au scrutin, les autres ayant tous voté contre. Chez le groupe GDR, qui regroupe le PCF et Les Verts, 23 députés sur 24 ont voté contre, l'un d'entre eux n'ayant pas pu participer au vote, même s'il avait fait savoir qu'il était contre le projet de loi.

Quelques heures plus tôt, le gouvernement a connu une crise en son sein. François Fillon a par la suite demandé à sa secrétaire d'état à l'Ecologie, Nathalie Kosciusko-Morizet de s'excuser, celle-ci ayant vertement critiqué son ministre de tutelle, Jean-louis Borloo, et le président du groupe UMP à l'Assemblée Jean-François Copé, dans un entretien qu'elle accordait au journal Le Monde mercredi en milieu de journée.

Dans cet entretien, la secrétaire d'état fustigeait le "concours de lâcheté et d'inélégance entre Jean-François Copé, qui essaie de détourner l'attention pour masquer ses propres difficultés au sein du groupe, et Jean-Louis Borloo, qui se contente d'assurer le minimum". Sous peine de "sanction", le Premier ministre François Fillon demande des excuses.

En début d'après-midi de mercredi, Nathalie Kosciusko-Morizet "souhaite présenter des excuses à Jean-Louis Borloo et Jean-François Copé". "Les propos qu'on me prête ont été déformés. Je comprends d'ailleurs très bien qu'ils aient pu les heurter", ajoute-t-elle.

Mercredi soir, le Premier ministre François Fillon a déclaré que l'incident était clos, estimant que ses paroles "ont sans doute dépassé sa pensée" et "en tout cas n'étaient pas conformes à la solidarité gouvernementale et à l'unité qui doit être celle de la majorité".

Jean-Louis Borloo a quant à lui déclaré sur RTL que "rien ne s'est passé, rien ne s'est dit. L'incident est clos. Nathalie a craqué à un moment donné mais c'est tout", a déclaré le ministre de l'Ecologie sur RTL", avant d'ajouter : "Il y a un moment où c'est difficile quand on est membre du gouvernement, des moments pas amusants où on assume des choses, des moments où la solidarité gouvernementale c'est lourd, on craque."