Les crimes contre l'humanité, imprescriptibles, ne pouvant pas être jugés par une juridiction administrative, c'est le qualificatif de «faute de services», couvert par un délai de prescription de 30 ans, qui est retenu dans ce dossier. Contrairement au tribunal de Toulouse, le commissaire du gouvernement n'a donc pas pris en compte les arguments avancés pour prolonger ce délai. C'est aussi le fond de l'affaire qu'il a interprété différemment, en ne relevant aucune preuve de «fautes distinctes» à attribuer à l'entreprise : «L'opération a été ordonnée par l'Etat, c'est donc l'Etat qui doit payer.» Insiste-t-il.
«La SNCF aurait pu renâcler, se couvrir en demandant un acte de réquisition or on n'en trouve aucun», avait argumenté l'avocat des plaignants, Me Rémi Rouquette, fustigeant le «mythe de la réquisition». «Elle aurait pu utiliser des voitures plutôt que des wagons à bestiaux qu'elle facturait ensuite comme des 3e classe. On ne lui reproche même pas de ne pas avoir résisté, on lui reproche d'avoir fait du zèle.»
«Ne passons pas d'une négation à l'autre, a répondu Me Michel Guénaire pour la SNCF. « Après avoir nié jusqu'à l'existence de l'Etat français, ne faisons pas croire que c'est toute la France qui est responsable. La SNCF agissait sous la contrainte.»
Me Rémy Rouquette a dénoncé le rôle des dirigeants de la SNCF de l'époque, estimant qu'en facturant les transports à l'Etat après la Libération puis en le menaçant d'appliquer des intérêts de retard, elle avait prouvé sa « collaboration active. » « La facture balaie l'argument de la contrainte », a-t-il dit en réponse aux avocats de la SNCF. Il a souligné le fait que la société de transports avait « par cupidité » fourni des wagons à bestiaux et n'avait pas daigné offrir de l'eau aux déportés.